Szpitale kliniczne pełnią rolę wysokospecjalistycznych placówek referencyjnych. W wielu dyscyplinach oferują unikatowe na skalę Polski Północnej możliwości lecznicze w zakresie m.in. przeszczepiania narządów – nerek, szpiku i serca, radioterapii i chemioterapii onkologicznej, hematologii dziecięcej i dorosłych, kardiologii inwazyjnej i elektrokardiologii, chirurgii narządowej, medycyny hiperbarycznej, medycyny tropikalnej, medycyny nuklearnej. Wysoko kwalifikowana kadra oraz dostępność nowoczesnego sprzętu diagnostycznego i leczniczego m.in. rektangularnej komory hiperbarycznej, rezonansów magnetycznych, tomografów komputerowych zapewniają wysoki poziom świadczonych usług leczniczych.
Gdański Uniwersytet Medyczny stale modernizuje bazę dydaktyczną i kliniczną. W 2011 r. zakończyła się budowa Centrum Medycyny Inwazyjnej, finansowana z budżetu państwa kwotą 480 mln zł. To pierwsza tego typu inwestycja na Pomorzu od ponad 30 lat. Nowy szpital składa się z kilku części, w których mieści się 12 oddziałów zabiegowych. W Centrum jednocześnie może być hospitalizowanych 311 pacjentów. Na dachu budynku powstało lądowisko dla śmigłowców, które bezpośrednio jest połączone z oddziałem ratunkowym.
W 2021 r. zakończono budowę Centrum Medycyny Nieinwazyjnej (CMN), które dysponuje liczącą blisko 700 łóżek bazą. W budynku zaprojektowano 8 sal operacyjnych wyposażonych w zintegrowany system sterowania. Połączone budynki Centrum Medycyny Nieinwazyjnej i Inwazyjnej stanowią jedną z najnowocześniejszych placówek medycznych w Europie. Zlokalizowane tu są m.in. Klinika Kardiologii; Klinika Chorób Psychicznych i Zaburzeń Nerwowych; Klinika Nefrologii, Transplantacji i Chorób Wewnętrznych; Klinika Chorób Wewnętrznych i Chorób Tkanki Łącznej; Klinika Neurologii Dorosłych, w tym Centrum Udarowe; Klinika Endokrynologii i Chorób Wewnętrznych; Klinika Geriatrii oraz Klinika Położnictwa. Środki finansowe na budowę jednostki pochodzą w większości z budżetu państwa, które zarezerwowało na ten cel ponad 592 mln zł. Koszt budowy wraz z wyposażeniem wyniósł około 600 mln zł.
Gdański Uniwersytet Medyczny w 2023 r. podpisał umowę na budowę Centrum Medycyny Pediatrycznej (CMP), które stanie w miejscu wyburzanych obecnie zabudowań pomiędzy kompleksem budynków nr 2, 3 i 4 a Centrum Medycyny Nieinwazyjnej. Inwestycja o wartości 299,9 mln zł zakłada budowę kompleksu oraz jego całkowite wyposażenie i przygotowanie pomieszczeń pod docelową przeprowadzkę jednostek. W budynku znajdą się nowoczesne rozwiązania teletechniczne ułatwiające opiekę nad pacjentem i gwarantujące pełne bezpieczeństwo osób w nim przebywających. Projekt przewiduje wyposażenie wszystkich jednostek, które obejmuje inwestycja, w nowoczesną aparaturę medyczną, z której najważniejsze to: TK, MRI, RTG, angiograf, tory wizyjne na blokach operacyjnych, stoły operacyjne z funkcją wymiennych blatów, mobilne aparaty RTG, respiratory, defibrylatory, aparaty do znieczulenia, kardiomonitory i endoskopy. CMP będzie się skupiać się na opiece dziennej oraz ambulatoryjnej. Nowy obiekt zostanie zlokalizowany w głównym kompleksie szpitalnym przy ul. Dębinki 7 i zostanie połączony z resztą infrastruktury szpitalnej łącznikami
