Centrum Medycyny Inwazyjnej (CMI) to jeden z najnowocześniejszych obiektów szpitalnych w Europie. Ma sześć kondygnacji z pięcioma piętrami nadziemnymi i podziemnym parkingiem liczącym 197 miejsc postojowych. Na zewnątrz Szpitala może zaparkować 89 samochodów. Nowy szpital składa się z kilku części, w których mieści się 12 oddziałów zabiegowych. Każdy liczy co najmniej 10 łóżek. W Centrum jednocześnie może być hospitalizowanych 311 pacjentów, zajmujących sale jedno lub dwuosobowe.

Przed budynkiem znajduje się podjazd dla pacjentów, z którego pod zadaszeniem wchodzi się do głównego holu w budynku A. Na najwyższej kondygnacji umieszczono Klinikę Chirurgii Ogólnej, Endokrynologicznej i Transplantacyjnej. Na pozostałych piętrach zostały zlokalizowane poradnie przykliniczne, główne rejestracje, punkty przyjęć, apteka, szatnie z kompleksami sanitarnymi oraz przejście do głównego pasażu. Pełni on rolę ogólnodostępnego holu w formie ulicy, przy której znajdują się punkty gastronomiczne i usługowe. To też miejsce, z którego za pośrednictwem galerii i kładek można przejść do każdego budynku całego kompleksu.

Od strony zachodniej zlokalizowany został budynek C1, C2, C3 z poszczególnymi oddziałami łóżkowymi. Jego układ funkcjonalny został zaprojektowany w formie grzebienia, którego trzon komunikacyjny tworzą galerie dostępne od strony pasażu oraz kompleksy wind i klatek schodowych umożliwiające bezkolizyjną komunikację pionową na poszczególne oddziały. Na końcach każdego z trzech skrzydeł zostały zlokalizowane pomieszczenia ogólnodostępne dla pacjentów, z których rozpościera się widok na otaczający las oraz klatki schodowe. Umożliwiają one swobodną komunikację pomiędzy poszczególnymi poziomami budynku, a jednocześnie są wyjściami ewakuacyjnymi.

Od strony wschodniej zaprojektowano budynek B, do którego prowadzą dojścia z pasażu. To tu jest serce szpitala. Mieści się w nim blok operacyjny z 15 salami. Ściany sal operacyjnych są obłożone panelami szklanymi, łatwymi do dezynfekcji. To maksymalnie zabezpieczy pacjentów przed powikłaniami infekcyjnymi.

W bezpośrednim sąsiedztwie sal operacyjnych znajdują się sale wybudzeniowe, do których pacjenci są przywożeni po zabiegach. Zostały tam zamontowane podwójne okna, które wygłuszają hałasy dochodzące z zewnątrz.

Cały kompleks budynku B został zaprojektowany w oparciu o wzajemne powiązania funkcjonalne pomiędzy Klinicznym Oddziałem Ratunkowym, Blokiem Operacyjnym, Centralną Sterylizatornią oraz pomieszczeniami Zakładu Radiologii.

Centrum Medycyny Inwazyjnej ma również część dydaktyczną, na którą składa się audytorium z 288 miejscami dla słuchaczy oraz sale seminaryjne. Wszystkie sale operacyjne są wyposażone w zestawy do transmisji obrazu i dźwięku do sal dydaktycznych. Umożliwia to zapisywanie, przechowywanie i udostępnianie nagrań z prowadzonych operacji. W budynku działa “pneumatyczna poczta”, czyli system rur, za pomocą których przy wykorzystaniu sprężonego powietrza możliwe jest przesyłanie np. próbek krwi w specjalnych puszkach do laboratorium.

Co więcej, na dachu budynku powstało lądowisko dla śmigłowców, które bezpośrednio, za pomocą dwóch wind połączone jest z oddziałem ratunkowym. Na kondygnacji podziemnej oprócz parkingu znajduje się część techniczna, szatnie dla personelu i węzły sanitarne. Na poziomie parteru, w częściach niedoświetlonych światłem dziennym, została zlokalizowana pozostała część pomieszczeń technicznych i magazynowych.

Budynek CMI połączony jest łącznikami z Centrum Medycyny Nieinwazyjnej (CMN). Obiekty stanowią jedną z najnowocześniejszych placówek medycznych w Europie, przyjazną pacjentom i personelowi szpitalnemu. To tu pacjenci mają dostęp do innowacyjnych metod leczenia i sprzętu medycznego na najwyższym światowym poziomie. Oprócz prowadzenia działalności leczniczej, to także istotny ośrodek kształcenia przed- i podyplomowego specjalistów w zakresie ochrony zdrowia, w którym również studenci Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego zyskali możliwość podnoszenia swoich umiejętności w oparciu o najnowocześniejsze obecnie technologie. Ponadto kompleks stanowi również unikatowe centrum naukowo-badawcze, stwarzające zupełnie nowe warunki do realizacji nowatorskich multidyscyplinarnych projektów z zakresu nauk medycznych.

Centrum Medycyny Nieinwazyjnej to kompleks czterech połączonych ze sobą budynków – A, B, C ułożonych w kształt litery U, połączonych trzema łącznikami z Centrum Medycyny Inwazyjnej oraz budynku D usytuowanego w miejscu dawnego budynku 18 (po drugiej stronie dwujezdniowej drogi). Budynek D jest połączony łącznikiem z budynkiem C. Jednocześnie można w nim hospitalizować 700 pacjentów.

W ramach realizacji pierwszego etapu w latach 2015-2018 powstały budynki B, C i D wraz z dwoma łącznikami do Centrum Medycyny Inwazyjnej. Mieszczą się tu m.in.: Klinika Alergologii i Pneumonologii; Klinika Dermatologii, Wenerologii i Alergologii; Klinika Ginekologii, Ginekologii Onkologicznej i Endokrynologii Ginekologicznej; Klinika Kardiochirurgii i Chirurgii Naczyniowej; Klinika Nadciśnienia Tętniczego i Diabetologii; Klinika Położnictwa; Klinika Neonatologii oraz Klinika Onkologii i Radioterapii.

W drugim etapie powstał budynek A oraz łącznik do budynku Centrum Medycyny Inwazyjnej. W nowej przestrzeni mieszczą się następujące jednostki: I Klinika Kardiologii; II Klinika Kardiologii i Elektroterapii Serca; Klinika Chorób Wewnętrznych, Chorób Tkanki Łącznej i Geriatrii; Klinika Endokrynologii i Chorób Wewnętrznych; Klinika Kardiochirurgii i Chirurgii Naczyniowej; Klinika Nefrologii, Transplantologii i Chorób Wewnętrznych; Klinika Neurologii Dorosłych; Klinika Psychiatrii Dorosłych, Zakład Radiologii i Administracja UCK.