Nauczanie w Gdańskim Uniwersytecie Medycznym oparte jest o własne i dobrze wyposażone zaplecze dydaktyczne. Studenci Wydziału Lekarskiego i Wydziału Nauk o Zdrowiu uczą się nauk podstawowych w Collegium Biomedicum, budynku zlokalizowanym przy ulicy Dębinki oraz w niektórych jednostkach GUMed rozproszonych na terenie Trójmiasta. Praktyczne zajęcia kliniczne dla studentów GUMed realizowane są w Uniwersyteckim Centrum Klinicznym, Uniwersyteckim Centrum Medycyny Morskiej i Tropikalnej oraz w wybranych placówkach opieki zdrowotnej Trójmiasta.

Osiedle studenckie GUMed przy ul. Dębowej zlokalizowane jest w odległości 100 m od głównego budynku dydaktycznego – Collegium Biomedicum i Biblioteki Głównej. Bliskość większości budynków dydaktycznych i klinicznych umożliwia studentom szybkie i punktualne dotarcie na zajęcia. Jednocześnie kampus oddalony jest od głównych ulic Gdańska, dzięki czemu jego mieszkańcy nie cierpią z powodu nadmiernego hałasu.

Kampus tworzą cztery domy studenckie, które mogą pomieścić 1000 osób, klub studencki „Medyk”, sklepik oraz ksero. Tu też znajduje się także główne biuro Uczelnianego Samorządu Studenckiego. Na terenie kampusu znajduje się też stołówka serwująca posiłki za atrakcyjną cenę. Akademiki są podłączone do ogólnouczelnianej sieci internetowej.